파일 수 한계에 의한 문제

안녕하세요. NAS2 에 하드4TB 2개를 장착하여 잘 사용중입니다. 잘 사용하다가 문제가 발생했습니다. HDD1 / HDD2 이렇게 사용중인데 HDD2는 고용량의 적은 파일 수의 자료가 저장되어 있고 HDD1에는 몇 KB에서 몇백메가의 굉장히 많은 수의 파일이 저장되어있습니다. 그런데 문제는 HHD1에서 더이상 FTP를 이용하여 파일이 업로드가 되지 않기 시작했습니다. HDD1에 MySQL의 서비도 중지가 되어 더이상 실행을 몇번을 해도 정상적으로 돌아오지 않았습니다. 그래서 펌웨어를 여러번 수동으로 다운그레이드 했다가 자동/수동 업그레이드를 해보았습니다. 그러다가 업로드가 완료되지 못한 폴더를 지우면서 MySQL이 돌아가는지 한번 눌렀는데 또 잘돌아가는 상황이 되었습니다. 그래서 또 잘되는 줄 알고 폴더를 업로드하다가 절반은 안올라가길래 파일 하나 지우고 다시 올려보니 하나만 올라가는 것입니다. 몇개 지우니 똑같이 지운만큼 다시 올라갔습니다. 파일 크기와 상관없이 지운 개수만큼 다시 올릴수 있는 파일 수의 여유가 생기는 현상을 발견했습니다. 원래 이런건가요? 왜 이런 현상이 발생하는 건가요? 일단 사용하는 부분에서는 제한적으로는 잘 사용은 하고 있습니다만 해결이 가능한 부분인가요? 궁금합니다.